Οι παρατηρήσεις για τη σημασία της οικογένειας ως ενός ευρύτερου και σημαντικού πλαισίου για την ψυχική υγεία του ατόμου και οι πρώτες κλινικές εφαρμογές ξεκίνησαν το 1940 περίπου και συνέχισαν να αναπτύσσονται και να διαφοροποιούνται ως σήμερα.
Κατά τη διάρκεια του 1950, οι πρωτοπόροι της οικογενειακής θεραπείας (Ackerman, Whitaker, Bowen) άρχισαν να βλέπουν όλη την οικογένεια μαζί, καθώς αντιλαμβάνονταν ότι το πρόβλημα που παρουσίαζε ένα άτομο συνδεόταν με τις σχέσεις και τις αλληλεπιδράσεις των μελών ολόκληρης της οικογένειας.
Η ανάπτυξη της Κυβερνητικής επιστήμης και η διαμόρφωση των αρχών της Γενικής Θεωρίας Συστημάτων (ΓΘΣ) συντέλεσαν, αφ' ενός, στην οργάνωση των παρατηρήσεων από τον κλινικό χώρο και από την έρευνα της οικογένειας και, αφ' ετέρου, στη διαμόρφωση των βασικών αρχών της οικογενειακής - συστημικής θεραπείας.
Από τις βασικότερες θέσεις της ΓΘΣ ήταν η ολιστική προσέγγιση για την κατανόηση των φαινομένων. Από τα μέσα του 17ου αιώνα, είχε επικρατήσει η αναλυτική - αναγωγική σκέψη, η οποία προέκυψε από τη μεθοδολογία που χρησιμοποιούσαν οι φυσικές επιστήμες για τη διερεύνηση των φαινομένων.
Χαρακτηριστικό αυτής της σκέψης και της αντίστοιχης μεθοδολογίας είναι η ανάλυση ενός φαινομένου στα επιμέρους τμήματα του για την ανακάλυψη της σύνθεσης και της λειτουργίας του. Θεωρητικά, με μια αναγωγική διαδικασία η κατανόηση των μερών θα μπορούσε να οδηγήσει στην κατανόηση του όλου. Η έννοια του "όλου" υποδηλώνει ότι κάθε σύστημα περιλαμβάνει όχι μόνο το σύνολο από τις επιμέρους ενότητες, αλλά και τις επιτελούμενες μεταξύ τους διεργασίες καθώς και τις αναδυόμενες ιδιότητες.
Κάθε σύστημα είναι ένα μέρος ενός ευρύτερου συστήματος, σε μια οργανωμένη μεταξύ τους σχέση και σε συνεχή αλληλεπίδραση. Το άτομο ανήκει στο υπερσύστημα "Κοινότητα", η οποία υπάγεται στο υπερσύστημα "Ανθρωπότητα".
Η συστημική θεωρητική προσέγγιση, οι βασικές θέσεις της οποίας επηρέασαν σημαντικά την άσκηση και εξέλιξη της οικογενειακής θεραπείας, διαμορφώθηκε από τις αρχές της ΓΘΣ και της Κυβερνητικής. Η θεραπεία οικογένειας οικειοποιήθηκε τις βασικές αρχές της συστημικής προσέγγισης και έτσι οι όροι "οικογενειακή θεραπεία" και "συστημική θεραπεία" θεωρούνται ταυτόσημοι.
Σήμερα η συστημική - οικογενειακή θεραπεία έχει εφαρμογή στο άτομο, στην οικογένεια, σε ζευγάρια και ομάδες.